Terletak di jalan Mohamad Hatta, kira-kira 100 meter dari taman kota, di sini dapat dilihat kerangka/tulang ikan Paus, lumba-lumba, anjing laut, aneka jenis reptile, terumbu karang dan sejenis ubur-ubur. Selain spesies-spesies laut/air, museum bahari juga mengoleksi beberapa jenis binatang/hewan yang memiliki keunikan seperti ayam berkaki tiga, berkaki empat yang telah diawetkan. Museum Bahari juga sering digunakan oleh kalangan Pelajar dan Mahasiswa di sekitar Kota Ende sebagai sarana/fasilitas pendukung kegiatan pembelajaran/penelitian.
